Las Comisiones Descentralizadas de la ANEP funcionan una por cada capital departamental, excepto Canelones y Montevideo donde existen tres Comisiones por departamento, cuyas jurisdicciones coinciden con las asignadas a las Inspecciones Departamentales del Consejo de Educación Inicial y Primaria (Canelones Este, Oeste y Centro/ Montevideo Este, Oeste y Centro).