Las Comisiones Descentralizadas de la ANEP funcionan una por cada capital departamental, excepto Canelones y Montevideo donde existen tres Comisiones por departamento, cuyas jurisdicciones coinciden con las asignadas a las Inspecciones Departamentales de la Dirección General de Educación Inicial y Primaria (Canelones Este, Oeste y Centro/ Montevideo Este, Oeste y Centro).
Las Comisiones Descentralizadas de la ANEP sesionan en forma ordinaria quincenalmente y puede hacerlo en forma extraordinaria a pedido de uno de sus integrantes, las que podrán sesionar con la presencia de por lo menos tres representantes de los diferentes Subsistemas.
La Presidencia y la Tesorería de la Comisión Descentralizada de la ANEP se ejercen de forma bienal y rotativa entre los integrantes de los Subsistemas.
La representación de dicha Comisión y la convocatoria a sus sesiones están a cargo del presidente. Cada vez que se produzca un cambio en las firmas habilitadas se deberá enviar la información del o los sustitutos para realizar los trámites pertinentes ante el BROU y a la Dirección Sectorial Económico-Financiera del CODICEN, la que lo registrará en forma.
El Presidente de la Comisión Descentralizada de la ANEP será el responsable de la coordinación de la educación en el ámbito de la ANEP a nivel departamental, convocando a los distintos actores institucionales a efectos de promover acuerdos que permitan el desarrollo de acciones para atender la realidad de cada territorio.